Os ferormônios atuam de maneira significativa no comportamento de camundongos. Quando grupos de fêmeas são alojadas sem a presença de um macho, elas entram em anestro. Quando subsequentemente expostas a um macho ou ao odor de um macho, iniciarão o cio em 3 dias. Esse fenômeno é chamado de efeito Bruce e permite o cruzamento sincronizado de um grupo de fêmeas. Um outro aspecto reprodutivo relacionado aos ferormônios em camundongos é o efeito Whitten: se uma fêmea prenhe for exposta a um novo macho ou a seu odor dentro de 4 dias da cobertura, poderá abortar e retornar ao cio.

Camundongos são animais tímidos, sociais e territoriais. Machos adultos brigam com frequência, especialmente quando mantidos em alojamentos superlotados. A briga pode ser minimizada quando ninhadas de machos forem unidas em uma mesma caixa somente após os 60 dias de vida.

Fêmeas de camundongos são poliéstricas contínuas com um ciclo estral de 10 a 15 dias. A gestação é de 19 a 21 dias.

Camundongos com evidência de alopecia não pruriginosa, localizada ao redor do focinho, olhos e vibrissas, provavelmente sofrem de barbeamento, condição resultante da mastigação de pelos por companheiros de gaiola. A remoção do animal sem sinais de barbeamento usualmente resolve o problema.

Ao contrário dos ratos, os camundongos possuem um seio orbital, em vez do plexo retro-orbital, e não apresentam crescimento contínuo dos incisivos.