No recém-nascido, a ITU pode apresentar-se clinicamente como um quadro séptico, ou, ainda, de uma forma menos aguda, predominando recusa alimentar, vômitos ocasionais, palidez cutânea e icterícia.

A adequada coleta de urina é essencial para evitar resultados falso-positivos e deve ser feita após limpeza da genitália com antissépticos, sendo possível realizar a coleta com saco coletor, desde que este esteja perfeitamente adaptado à genitália e com trocas a cada 30 minutos, até que se obtenha a amostra de urina.

O diagnóstico de ITU nas amostras obtidas a partir do jato médio de urina é confirmado pela evidência de bacteriúria significativa, ou seja, presença na urina de um número igual ou superior a 10.000 UFC de uma única bactéria.

A antibioticoterapia deve ser iniciada somente após a confirmação do resultado da urocultura, dando-se preferência à escolha de amoxicilina-clavulanato, cefalosporinas de 1ª ou 2ª geração ou sulfametoxazol-trimetropim e mantendo-se o tratamento por 5 dias.

A antibioticoterapia profilática da ITU está recomendada em todas as crianças que apresentaram um episódio de ITU antes dos 6 meses de idade, independentemente da confirmação de alterações morfofuncionais do trato urinário, e naquelas com diagnóstico de anomalias obstrutivas do trato urinário ou de refluxo vesico-ureteral de graus III ou IV.