Uma das desvantagens dos IDS é que eles não realizam avaliação da integridade dos dados e dos sistemas.

Os IDS têm por objetivo oferecer um mecanismo que venha a reduzir a possibilidade de intrusão, por meio da antecipação e do acompanhamento dos ataques.

Todos os IDS realizam auditorias de gestão aos sistemas de informação; entretanto, devido ao nível de complexidade exigido, eles não são capazes de realizar o reconhecimento do comportamento dos usuários que desobedecem à política de segurança da informação.

Os IDS executam tarefas especificamente de monitoramento. Logo, eles não são capazes de reagir quando da detecção de ações não autorizadas, como, por exemplo, desligar a conexão de rede.

Os referidos sistemas atuam especificamente em redes de computadores, pois não foram desenvolvidos para atuar em computadores (hosts).