A organização e a implementação do Subsistema de Saúde Indígena devem ser executadas e financiadas pela União. Os serviços de saúde indígena devem considerar as especificidades da cultura indígena e sua realidade local, além de oferecer abordagem diferenciada em sua implementação. Como integrante do SUS, esse sistema deve observar os princípios da descentralização, da hierarquização e da regionalização.