A Constituição e a Leiº 8.080/90 já previram o financiamento do SUS como de responsabilidade dos municípios, dos estados e da União como recursos oriundos do orçamento da seguridade nas três esferas de governo.

A vigência da Emenda Constitucional nº 29 possibilitou o aumento dos gastos dos estados e municípios com a saúde.

A gestão dos recursos orçamentários da saúde, em cada esfera de governo, é realizada por meio dos Fundos de Saúde que agregam parte dos recursos alocados para o setor.

As transferências fundo a fundo correspondem ao envio, por meio eletrônico, de recursos do Fundo Nacional de Saúde para os demais fundos das esferas subnacionais.

O gestor é o ordenador de despesas e responsável pela prestação de contas ao Conselho de Saúde e ao Legislativo correspondente, cabendo ao Conselho exercer o controle e a fiscalização sobre a utilização desses recursos.