Sendo uma atividade programada, todas as auditorias deverão ser organizadas com datas marcadas para a sua realização, mediante a Programação Anual de Atividades de Auditoria (P.A.A.A.), mesmo as eventuais (solicitações, apuração de denúncia). Dessa forma, de acordo com o Manual de Normas de Auditoria do Ministério da Saúde (1998), as fases de uma auditoria, na ordem de execução, são: