FISH só pode ser realizada com sondas marcadas diretamente com fluoróforos.

Antes de ser observada ao microscópio, a amostra acima foi revelada em uma emulsão fluorogênica.

FISH é mais sensível do que a hibridação in situ cromogênica.

O sinal positivo observado na figura acima foi gerado pela hibridação de sondas fluorescentes que hibridaram com proteínas de membrana da H. pylori, o que permitiu sua observação no corte histológico.

Ao contrário dos fluoróforos utilizados para conjugar anticorpos, o comprimento de onda utilizado para excitação dos fluoróforos utilizados em FISH deve ser sempre maior do que seu comprimento de onda de emissão, devido à interferência das bases nitrogenadas dos ácidos nucléicos aos quais estão conjugados.