O agente etiológico da toxoplasmose é o Toxoplasma gondii, um protozoário intracelular obrigatório, que apresenta ciclo evolutivo com três formas principais: os taquizoítos, que ocorrem na fase aguda e reagudização da doença; os bradizoítos, encontrados nos tecidos de seres humanos e animais infectados; e os esporozoítos, que se encontram dentro dos oocistos, formados exclusivamente no intestino dos hospedeiros definitivos, os felinos.

O oocisto é a forma de resistência do parasita presente no ambiente, podendo ficar viável e infectivo por períodos superiores a um ano.

A presença de Imunoglobulina M (IgM) antitoxoplasmose em recém-nascidos, associada à história e às condições clínicas sugestivas, confirma toxoplasmose congênita, porém, sua ausência não descarta a transmissão.

Uma forte avidez de IgG antitoxoplasmose na amostra do recém-nascido, associada à IgM antitoxoplasmose negativa, descarta definitivamente a toxoplasmose congênita.