São considerados os esquemas terapêuticos recomendados pelo Ministério da Saúde, o número de casos notificados no Sistema de Informação de Agravos de Notificação no ano anterior, o estoque de medicamentos existente e os dados populacionais.

São considerados os esquemas terapêuticos recomendados pela Organização Mundial da Saúde, levando em consideração as particularidades de cada região. É feita semestralmente através da Conferência Nacional de Saúde.

É feita mensalmente pela Agência Nacional de Vigilância Sanitária, em conjunto com as coordenações estaduais do programa e da Assistência Farmacêutica.

Os Conselhos Municipais de Saúde são responsáveis pela programação de medicamentos para o programa de controle da tuberculose e outras doenças e agravos estratégicos.