Cabe à Controladoria Geral da União (CGU) o exercício do controle interno restrito a questões que envolvam repasse de recursos públicos a entidades privadas.

Cada órgão do governo deve exercer o controle interno de maneira independente, descentralizada e dissociada do controle externo.

Os órgãos do sistema de controle interno do Poder Executivo federal devem realizar auditorias nos sistemas contábil, financeiro, orçamentário, de pessoal e nos demais sistemas administrativos e operacionais.

Entre as ações recentemente empreendidas pelo sistema de controle interno do Poder Executivo federal, inclui-se o deslocamento da ênfase em resultados para a ênfase em procedimentos internos.

A atividade de controle interno compreende, preponderantemente, a avaliação contínua do planejamento estratégico da administração pública.