O PNI teve que se adaptar com a implantação do SUS, a descentralização e municipalização do programa.

Num país de dimensões geográficas como o Brasil, o sucesso do PNI muito significa em termos de abrangência e alcance.

A meta operacional básica do PNI é vacinar 80% das crianças menores de 1 ano com todas as vacinas indicadas no calendário básico.

No histórico do PNI, duas providências foram especialmente importantes: a implantação dos Centros de Referência para Imunobiológicos Especiais (Cries) e a criação do Comitê Técnico Assessor em Imunizações.