A PPI envolve as atividades de assistência ambulatorial e hospitalar, de vigilância sanitária e de epidemiologia e controle de doenças, constituindo um instrumento essencial de reorganização do modelo de atenção e da gestão do SUS, de alocação dos recursos e de explicitação do pacto estabelecido entre as três esferas de governo.

O processo de elaboração da Programação Pactuada entre gestores e integrada entre esferas de governo deve respeitar a autonomia de cada gestor: o Estado elabora sua própria programação, aprovando-a no CMS; o Município harmoniza e compatibiliza as programações municipais, incorporando as ações sob sua responsabilidade direta, mediante negociação na CIB, cujo resultado é deliberado pelo CES.

A elaboração da PPI deve se dar num processo ascendente, de base municipal, configurando, também, as responsabilidades do Estado na busca crescente da equidade, da qualidade da atenção e na conformação da rede regionalizada e hierarquizada de serviços.

A Programação observa os princípios da integralidade das ações de saúde e da direção única em cada nível de governo, traduzindo todo o conjunto de atividades relacionadas a uma população específica e desenvolvidas num território determinado, independente da vinculação institucional do órgão responsável pela execução destas atividades.

A União define normas, critérios, instrumentos e prazos, aprova a programação de ações sob seu controle - inscritas na programação pelo Estado e seus Municípios - incorpora as ações sob sua responsabilidade direta e aloca os recursos disponíveis - segundo os valores apurados na programação e negociados na CIT, cujo resultado é deliberado pelo CNS.