A direção do Sistema Único de Saúde-SUS é única, sendo exercida em todas as esferas de governo pelo Ministério da Saúde.

Serão criadas comissões intersetoriais de âmbito nacional, subordinadas ao Conselho Nacional de Saúde, integradas pelos Ministérios e órgãos complementares e por entidades representativas da sociedade civil.

A elaboração de normas técnicas e estabelecimento de padrões de qualidade e parâmetros de custos que caracterizam a assistência à saúde competem exclusivamente à administração federal.

A formulação das políticas, a execução das ações de saneamento básico e a proteção e recuperação do meio ambiente cabem exclusivamente aos municípios.

À direção estadual do SUS compete formular, avaliar e apoiar políticas de alimentação e nutrição e definir e coordenar os sistemas das redes integradas de assistência de alta complexidade.