Para pesquisa de ectoparasitas, utiliza-se microscópio entomológico. Deve-se examinar a pelagem do animal, visando à procura de parasitos de maior tamanho (piolhos) e de ácaros menores (sarnas).

Para o controle parasitológico, realiza-se a confirmação de endoparasitos através da investigação direta da mucosa intestinal do duodeno, colo e reto.

O controle sorológico de vírus em colônias de ratos e camundongos é realizado a cada 6 meses em colônias de fundação e a cada 3 meses em colônias de produção.

Os testes sorológicos para vírus devem ser realizados em adultos jovens (com menos de 12 semanas) e adultos velhos (com até 20 semanas).

Todos os estágios de limpeza em um biotério, como troca de gaiolas, limpeza de estantes etc., geram aerossóis que podem conter bactérias; por isso, todo material deve ser limpo dentro da área bioprotegida.