Uma das maneiras de se controlar a carga microbiana no alimento é pela remoção dos microrganismos presentes, que pode ser realizada pelos processos de lavagem, centrifugação e filtração. Esses processos são normalmente utilizados como etapa auxiliar na linha de produção ou processamento.

Os alimentos embalados a vácuo ou aqueles cujo ar do espaço livre tenha sido substituído por CO2 ou NO2 apresentam condições anaeróbias que impedem o desenvolvimento de microrganismos aeróbios.

A temperatura elevada é um dos métodos de maior eficiência e um dos mais utilizados na destruição de microrganismos. O calor pode ser aplicado tanto em condições úmidas (vapor ou água) quanto secas (estufa com ar quente e seco).

O controle da umidade tem como princípio de conservação dos alimentos a redução da atividade de água do alimento.

O método de fermentação envolve a transformação do alimento através do processo fermentativo e é muito utilizado para a obtenção de vários produtos como queijos maturados, leites fermentados, picles e outros que têm sua vida de prateleira menor que sua matéria-prima de origem.