O mosaico rugoso da soja (Beanrugosemosaicvirus) é causado pelo vírus do mosaico-em-desenho do feijoeiro. Em regiões onde há cultivo simultâneo de feijão e soja, como no Estado do Paraná, pode-se encontrar plantas infectadas por este vírus.

O uso de inseticidas, por pulverização ou granulados, aplicados junto com as sementes apresenta relativa eficiência, sendo indicado para o controle da queima do broto da soja (Tobaccostreakvirus).

A planta com antracnose (Colletotrichumdematium var. truncata) tem como sintomas a morte da plântula, necrose dos pecíolos e mancha nas folhas, hastes e vagens. Inóculo proveniente de restos de cultura e sementes infectadas pode causar necrose dos cotilédones, causando o tombamento de pré e pós-emergência. Sementes apresentam manchas deprimidas, de coloração castanho-escuras.

A infecção de raízes de soja por podridão de carvão das raízes (Macrophominaphaseolina) pode ocorrer desde o início da germinação visto que o patógeno pode ser transmitido por sementes e é um habitante natural dos solos. A evolução da infecção é facilitada por condição de déficit hídrico do solo.