O Comut foi instituído inicialmente junto à Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior-Capes pela Portaria nº 456, de 05 de agosto de 1980 do Ministério da Educação e Cultura. Pelo Segundo Termo de Ajuste, de 05 de novembro de 1980, ao Convênio Capes/CNPq, o Conselho Nacional de desenvolvimento Científico e Tecnológico, através do Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia - IBICT, passou a integrar, como co-responsável, o Comut. As operações de solicitação de cópias foram informatizadas em 1996, com o objetivo de facilitar as atividades administrativas e operacionais, agilizar os procedimentos e permitir a participação do usuário final (o que, afinal, não ocorreu). No ano de 2002, com o objetivo de modernizar o Programa, adequando-o às novas realidades tecnológicas, foi elaborado o Projeto Novo Modelo Comut, desenvolvido em conjunto pela Gerência do Programa e a empresa Brisa Informática, que levou ao atual modelo do Comut. As bibliotecas que participam do programa são de dois tipos: