A limpeza do almoxarifado deve ser realizada no menor número possível de vezes, devido ao alto grau de complexidade e custo.

Duas ou três lixeiras são suficientes para o ambiente, independente de seu tamanho, sendo o ideal localizá-las o mais distante possível de onde os funcionários do setor costumam permanecer.

O ideal é possuir lixeiras de grande capacidade para que sejam esvaziadas apenas quando estiverem cheias.

Deve-se procurar preferencialmente manter o ambiente limpo em vez de aguardar um momento extremo para realizar uma limpeza massiva, que é menos eficaz para a higiene a longo prazo.

A dedetização deve ser evitada para que os produtos químicos utilizados não venham a prejudicar os materiais armazenados.