O sequenciamento por espectrometria de massas substitui o procedimento de degradação de Edman, para o sequenciamento de polipeptídeos longos.

No MALDI MS, as proteínas são colocadas em uma matriz com capacidade de absorver luz.

A espectrometria de massas pode sequenciar pequenos polipeptídeos.

Na espectrometria de massas por eletrodispersão de uma proteína, uma solução de proteínas é dispersa em gotas altamente carregadas, ao passar por uma agulha sob influência de um campo magnético de alta voltagem.