os filtros de excitação e emissão devem ter espectros sobrepostos para aumentar a eficiência da seleção da luz com a maior intensidade possível.

os filtros de excitação e emissão devem ser escolhidos de acordo com a fonte de luz disponível, independente dos espectros da molécula marcadora.

os filtros de excitação e emissão devem ser escolhidos de acordo com a faixa de intensidade de fluorescência que se pretende observar, ainda que não selecionem os comprimentos de onda mais adequados.

os filtros de excitação e emissão devem ser escolhidos buscando a maior proximidade possível com os máximos dos espectros de excitação e emissão da molécula marcadora utilizada, mas ainda separando os comprimentos de onda de emissão e excitação.

os filtros de excitação e emissão devem ser escolhidos de acordo com as células utilizadas, de modo a se adequarem ao seu metabolismo, permitindo a aquisição da fluorescência emitida por essas células.