O agente etiológico da cólera é o Vibrio cholerae O1 toxigênico ou O139, bacilo Gram-positivo, com flagelo polar, aeróbio obrigatório.

O biótipo El Tor do Vibrio cholerae é menos patogênico que o biótipo clássico e causa, com mais frequência, infecções assintomáticas e leves.

As moscas não podem transportar, mecanicamente, aos alimentos os Vibrio cholerae das dejeções dos indivíduos infectados.

O Vibrio cholerae produz uma enterotoxina, onde a subunidade A une-se ao gangliosídio GM 1, substância receptora presente nas células do epitélio intestinal.

Um dos maiores problemas é que o Vibrio cholerae desaparece lentamente das fezes dos doentes e dos portadores sadios, e, em geral, não é mais eliminado ao término de 60 a 90 dias.