Compete à Justiça Militar o processo e julgamento dos crimes militares definidos em lei, praticados por Oficiais e Praças da Polícia Militar e do Corpo de Bombeiros Militares do Estado do Maranhão.

Os serviços auxiliares da Justiça Militar serão feitos por um escrivão, um técnico de serviços judiciários e dois oficiais de justiça e, em casos de vaga ou de impedimento, respectivamente, por um subtenente, um sargento e dois cabos da Polícia Militar do Estado do Maranhão, durante a vacância ou o impedimento.

A Justiça Militar Estadual será exercida pela Auditoria da Justiça Militar e pelos Conselhos da Justiça Militar, em primeiro grau, e pelo Tribunal de Justiça, em segundo grau, neste caso sob a Presidência do Comandante Geral da Polícia Militar do Estado do Maranhão.

O cargo de Juiz-Auditor será exercido por um Juiz de Direito de 4ª Entrância, sem prejuízo das suas garantias e vantagens, inclusive remoção, permuta e acesso ao Tribunal.