Os substratos são geralmente um importante parâmetro para se conseguir maior controle dentro dos processos de fermentação por estarem, quase sempre, associados à inibição do crescimento e ao aumento da eficiência do fluxo de carbono, pela redução da quantidade de produtos derivados formados, e a quantidade de dióxido de carbono envolvido. Dentre as fontes de carbono que estão presentes nos substratos Lígno-celulósicos, estão: