Em um paciente que está no quarto episódio de diarreia por C. difficile, o tratamento recomendado é com vancomicina via oral por pelo menos 6 semanas ou transplante de fezes.

A presença do antígeno GDH do C. difficile nas fezes não necessariamente corresponde a infecção.

Em pacientes menores de 1-2 anos, a pesquisa de C. difficile não deve ser realizada rotineiramente, devido à alta taxa de portadores assintomáticos.

Ao final do tratamento, é recomendado o controle com pesquisa de antígeno e toxinas nas fezes.

Em casos fulminantes, se recomenda o uso de metronidazol endovenoso associado à vancomicina via oral ou intrarretal, se impossibilidade de administração via oral.