A herpangina consiste em um diagnóstico diferencial causado pelo vírus de Coxsackie, que compromete preferencialmente regiões queratinizadas da cavidade oral.

As lesões ulceradas estão relacionadas ao herpes-vírus simples, são pouco dolorosas e, quando em uma primoinfecção, acometem áreas não queratinizadas e, quando secundárias, acometem, principalmente, a região perioral.

Há uma associação entre as lesões ulceradas de boca e os fatores nutricionais, como, por exemplo, a deficiência de ferro, de ácido fólico ou de vitamina B12, ou os fatores endócrinos, como, por exemplo, os hormônios sexuais ou a alergia alimentar a chocolate ou a glúten.

A actinomicose é causada pelo fungo Actinomyces israelii e geralmente secundária a trauma ou à manipulação dentária. Seu tratamento consiste no debridamento cirúrgico e em penicilina cristalina por duas a seis semanas.

A doença de Behçet é um diagnóstico diferencial cujo quadro clínico se dá pela presença marcante de lesões genitais e oculares, com ou sem lesões dérmicas ou orais.