O tratamento apenas poderá acontecer quando em função de um diagnóstico que defina, de acordo com parâmetros éticos e técnicos, o correto transtorno mental que acomete o paciente. Por isso, o diagnóstico é uma etapa fundamental e somente é superada quando está consolidado e não restam dúvidas sobre a etiologia do transtorno. Por isso, frequentemente tem-se a necessidade de um diagnóstico diferencial, para suprir eventuais dúvidas e dar início ao tratamento.

O tratamento não tem nenhuma relação direta com o diagnóstico, pois são fenômenos de natureza distinta. O tratamento acontece em função dos sintomas e da demanda explícita do paciente em relação a estes. Já o diagnóstico, é uma leitura da somatória dos sintomas que se agregam em transtornos. Um mesmo transtorno pode ser composto de conjuntos distintos de sintomas, ou, ser composto de diferentes critérios diagnósticos, o que faz com que os tratamentos possíveis variem muito em um mesmo diagnóstico.

O diagnóstico, quando acertado, ajuda o clínico a saber sobre o prognóstico esperado e na decisão sobre a condução do tratamento. Contudo, o diagnóstico não implica à necessidade do tratamento, pois este decorre de uma decisão clínica complexa que envolve a gravidade dos sintomas, os riscos e benefícios, o sofrimento e a escolha do paciente. Por isso, um tratamento pode ser iniciado mesmo sem o estabelecimento de um diagnóstico conclusivo.

O diagnóstico de transtorno mental é o necessário desencadeador do tratamento e irá abastecer o clínico de informações para as decisões relativas à condução desse tratamento. Diante de um diagnóstico, o não início de um tratamento adequado implica imprudência e irresponsabilidade técnica do profissional de saúde perante o paciente. Contudo, nem sempre o profissional que realiza o diagnóstico será o que conduzirá o tratamento, tendo este, obrigação ética de realizar o encaminhamento.