O processo administrativo disciplinar é dividido em três fases: instauração, inquérito administrativo e julgamento.

O inquérito administrativo compreende instrução, defesa e relatório.

Tipificada a infração disciplinar, será formulada a indiciação do servidor, com a especificação dos fatos a ele imputados e das respectivas provas, e, em seguida, deve ser procedida à sua citação para apresentar defesa escrita, no prazo de 10 (dez) dias.

Apreciada a defesa do indiciado, a comissão elaborará relatório minucioso, onde resumirá as peças principais dos autos, mencionará as provas em que se baseou para formar a sua convicção e concluirá quanto à inocência ou à responsabilidade do indiciado. O relatório será encaminhado para apreciação da autoridade competente para o julgamento.

O julgamento não está adstrito às conclusões do relatório da comissão de processo administrativo disciplinar, podendo a autoridade julgadora, em qualquer caso, desde que motivadamente, agravar a penalidade proposta, abrandá-la ou isentar o servidor de responsabilidade.