Quando a cirurgia é realizada, pelo menor risco cirúrgico, deve-se optar pela ablação das lesões de endometriose em vez da excisão para reduzir a dor associada à endometriose.

A ablação laparoscópica do nervo uterossacro deve ser sempre associada à cirurgia laparoscópica para endometriose, pois melhora significativamente a dor pós-operatória.

A histerectomia (com ou sem remoção dos ovários) com remoção de todas as lesões visíveis de endometriose pode ser considerada naquelas mulheres que não desejam mais engravidar e não responderam a tratamentos conservadores. Contudo, devem ser informadas de que a histerectomia não necessariamente curará os sintomas da doença.

Ao realizar cirurgia em mulheres com endometrioma ovariano, a drenagem e coagulação são preferíveis à cistectomia, pois a cistectomia reduz a reserva ovariana e não há diferença na recorrência de endometrioma e dor associados à endometriose.

Recomenda-se prescrever tratamento hormonal pré-operatório para melhorar o resultado imediato da cirurgia para dor em mulheres com endometriose.