Animais convencionais são aqueles que possuem microbiota indefinida por serem mantidos em ambiente desprovido de barreiras sanitárias rigorosas.

Animais com microbiota definida são aqueles livres de microrganismos e parasitos específicos, porém não necessariamente livres de outros não-específicos.

Animais livres de agentes patogênicos específicos (SPF) são animais “germfree” que foram intencionalmente contaminados com microrganismos ou parasitos específicos.

Um dos métodos para a obtenção de animais com microbiota definida é através da alimentação de animais convencionais com ração saturada de microrganismos específicos.

Animais gnotobióticos são aqueles totalmente livres de microbiota, isto é, isentos de quaisquer parasitas internos e externos, bactérias, fungos, protozoários, algas, richetsia e vírus.