Este método pode ser utilizado para amplificar seqüências de DNA de qualquer organismo, bactéria, vegetal ou animal, com exceção do DNA viral, cuja amplificação não pode ocorrer na ausência da célula viva.

Cada ciclo de amplificação dobra a quantidade de DNA em uma amostra, levando ao aumento exponencial do DNA em ciclos repetidos de amplificação.

Não é necessário conhecer a seqüência do nucleotídeo do DNA-alvo; porém, é necessário conhecer a seqüência de nucleotídeos de segmentos curtos em cada lado do DNAalvo.

Em análises forenses, o DNA isolado de um único fio de cabelo é insuficiente para determinar a origem da amostra se a técnica do PCR for utilizada isoladamente.

As principais desvantagens da técnica do PCR em relação à clonagem como mecanismo de amplificação de uma seqüência específica de DNA são a baixa velocidade, o alto custo, e a impossibilidade de se trabalhar com pequenas quantidades iniciais de DNA.