Ao contrário da eletroforese em gel de poliacrilamida o gel de agarose é moldado verticalmente.

Diferentemente da eletroforese em gel de poliacrilamida na eletroforese em gel de agarose, as amostras de proteínas são separadas usando campo elétrico que passam por uma matriz de gel que influencia a sua migração.

Apesar de ser mais efetivo em separar fragmentos pequenos a eletroforese em gel de poliacrilamida exige cautela na sua preparação uma vez que a poliacrilamida em solução é neurotóxica.

Devido à diferença no tamanho dos poros da matriz, utiliza-se normalmente o gel de poliacrilamida para separar fragmentos que variam de 0,3 kb a 50 kb e o gel de agarose para separar fragmentos menores, até 1 kb.