Com a criação do Conselho Nacional de Justiça e do Conselho Nacional do Ministério Público, algumas competências desses órgãos são concorrentes com as competências do TCU, uma vez que a Constituição Federal dispõe que compete a esses conselhos, entre outras atribuições, apreciar a legalidade dos atos administrativos praticados por membros ou órgãos, nos respectivos âmbitos de atuação. Segundo a Constituição Federal, tais atribuições são exercidas sem prejuízo da competência do TCU.