Quase invariavelmente, quando se faz uma desinfecção na fazenda, há matéria orgânica no meio ambiente. Pode-se dizer que essa matéria orgânica sempre interfere na ação do desinfetante em razão dos seguintes fatores:
I. A matéria orgânica pode proteger a célula ao formar em sua superfície externa um revestimento, impedindo o acesso imediato do
desinfetante.
II. O desinfetante pode formar um composto insolúvel com a matéria orgânica, inibindo sua atividade potencial.
III. O desinfetante pode reagir quimicamente com a matéria orgânica dando origem a um produto não germicida.