Os Institutos Federais têm como órgãos superiores o Colégio de Dirigentes, de caráter consultivo, e o Conselho Superior, de caráter consultivo e deliberativo.

Os Institutos Federais possuem autonomia para criar e extinguir cursos, nos limites de sua área de atuação territorial, bem como para registrar diplomas dos cursos por eles oferecidos, mediante autorização do seu Conselho Superior, aplicando-se, no caso da oferta de cursos a distância, a legislação específica.

Os Reitores são nomeados pelo Presidente da República, para mandato de 4 (quatro) anos, não sendo permitida recondução, após processo de consulta à comunidade escolar do respectivo Instituto Federal.

Os Institutos Federais, no âmbito de sua atuação, exercem o papel de instituições acreditadoras e certificadoras de competências profissionais.

O Conselho Superior será composto por representantes dos docentes, dos estudantes, dos servidores técnico-administrativos, dos egressos da instituição, da sociedade civil, do Ministério da Educação e do Colégio de Dirigentes do Instituto Federal, assegurando-se a representação paritária dos segmentos que compõem a comunidade acadêmica.