Geralmente os microscópios eletrônicos de varredura são mais complexos e requerem um maior conjunto de componentes quando comparados aos microscópios de transmissão, tornando-os uma opção mais difícil para estudo.

Na microscopia eletrônica de varredura, o feixe de elétrons percorre toda a superfície da célula, enquanto que na microscopia eletrônica de transmissão é possível observar a composição interna desta célula numa imagem bidimensional.

Estruturas maiores são estudadas por microscopia eletrônica de transmissão, enquanto aquelas de até 50 µm são estudadas pela microscopia de varredura.

A microscopia eletrônica de transmissão envia todos os sinais elétricos captados da amostra a um detector de alta potência, o qual os transforma em uma imagem colorida.

A microscopia eletrônica de varredura fornece imagens pseudotridimensionais porque os elétrons atravessam a amostra e são refletidos pelo metal aplicado sobre a sua superfície.