O exame de colonoscopia está associado a um risco de bacteremia em 2 a 4%, mas o uso rotineiro de antibioticoprofilaxia em pacientes submetidos ao exame endoscópico do trato digestivo baixo não é recomendado.

Segundo a diretriz da Sociedade Americana de Endoscopia Gastrointestinal (American Society for Gastrointestinal Endoscopy- ASGE) publicada em 2015, a única situação abaixo em que a administração de antibióticos profiláticos antes da colonoscopia está indicada é: