Em 1889, a proclamação da República aconteceu embalada por uma idéia principal: modernizar o Brasil a todo custo. Destituíram-se as juntas e inspetorias de higiene provinciais, substituídas pelos serviços sanitários estaduais, estes bastante deficientes inicialmente. A desorganização desses serviços facilitou a ocorrência de novas ondas epidêmicas no país, logo nos primeiros anos da República. Entre 1890 e 1900, o Rio de Janeiro e as principais cidades brasileiras continuaram as ser vitimadas por varíola, febre amarela, peste bubônica, febre tifóide e cólera, que mataram milhares de pessoas.