Ao se configurar um computador novo, antes de instalar o sistema operacional, é necessário selecionar o sistema de arquivos para o hard disk (HD) (processo conhecido como formatação). No Windows, quando se formata um HD, é possível escolher entre dois tipos de sistema de arquivos: o FAT (File Allocation Table) e o NTFS (New Technology File System). O sistema operacional GNU/Linux é compatível com esses dois sistemas de arquivo.