Sua ressecção não necessita de margens amplas (já que ele, como regra, não se dissemina além das margens da lesão) e também não necessita de linfadenectomia.

Os GISTs pequenos (abaixo de 2 cm) ocorrem mais frequentemente no estômago. Neste, predomina na muscular, com maior incidência, no corpo alto e fundo gástrico.

Nos GISTs maiores, a TC de tórax é um exame importante para diagnosticar metástases pulmonares, devendo ser realizada rotineiramente.

A neoadjuvância deve ser indicada em tumores grandes ou perto de estruturas nobres para permitir uma cirurgia de menor porte.

A adjuvância se baseia na estratificação do risco de recidiva do GIST que se baseia em tamanho do tumor, índice mitótico e localização ( além da ruptura deste).