A cladogênese é definida como o processo evolutivo formado pela ruptura de um táxon ancestral em dois ou mais táxons descendentes. O isolamento reprodutivo, provocado por uma barreira reprodutiva, é o principal fator que leva à cladogênese.

Grupos monofiléticos são aqueles formados por um ancestral e seus descendentes, tendo em comum caracteres homólogos.

A divergência morfológica ocorre quando uma espécie ancestral sofre um processo de especiação que origina um número muito grande de espécies, as quais divergem entre si em um curto período de tempo. Esse processo geralmente ocorre em resposta a novas oportunidades ecológicas ou à ocupação de nichos distintos.

O paralelismo é um padrão evolutivo no qual duas espécies variam morfologicamente, mas mantêm a mesma distância morfológica entre si, com base em uma base genética herdada de um parentesco não muito distante.

Homoplasias são as semelhanças que não são herdadas de um ancestral comum. Um dos tipos mais comuns de homoplasia é a convergência, na qual grupos diferentes podem sofrer a mesma pressão seletiva e desenvolverem caracteres semelhantes, como as semelhanças na forma do corpo do tubarão, do golfinho e do ictiossauro, por exemplo.