Os aquíferos subterrâneos, por permearem o solo, apresentam uma água de qualidade duvidosa que necessita de mais tratamento do que o usual.

Gasta-se muita energia no bombeamento e na retirada da água para um aproveitamento em condições de viabilidade econômica.

Esses poços são de construção mais complexa e podem gerar a poluição do aquífero se não forem bem executados.

Como se encontram confinados e distantes, esses mananciais podem secar sem aviso, o que gera grande incerteza se vale a pena explorá-los.

São mais sujeitos à contaminação e à poluição do que os aquíferos superficiais e mananciais freáticos.