Os instrumentos de fiscalização são utilizados para operacionalizar as atividades de competência do órgão de auditoria interna e diferenciam-se, especialmente, quanto finalidade da ação de controle. Nesse sentido, os instrumentos de fiscalização podem ser utilizados para:

I. Conhecer a organização e o funcionamento dos órgãos e entidades da administração direta, indireta e fundacional, assim como dos sistemas, programas, projetos e atividades governamentais;
II. Suprir omissões e lacunas de informação, esclarecer dúvidas, apurar a legalidade, a legitimidade e a economicidade de atos e fatos específicos praticados por qualquer responsável, bem como para apurar denúncias ou representações;
III. Avaliar, ao longo de um período predeterminado, o desempenho de órgãos e entidades públicas, assim como dos sistemas, programas, projetos e atividades governamentais, quanto aos aspectos de economicidade, eficiência e eficácia dos atos praticados.

Os instrumentos de que tratam as definições anteriores são denominados, respectivamente: