Deve-se coletar os morcegos com rede de neblina colocadas em locais estratégicos a fim de capturar e segregar o Desmodus rotundus. Todos os indivíduos dessa espécie devem ser levados ao órgão sanitário competente para o devido abate humanitário e análises para o diagnóstico do vírus da raiva. Indivíduos das demais espécies devem ser soltos no mesmo local de captura.

No Método Seletivo Direto há necessidade da captura das diversas espécies de morcegos (hematófago e não hematófago) para, em seguida, aplicar a pasta anticoagulante no dorso do animal. Este animal assim tratado é solto e, em contato com outros morcegos de sua espécie, contamina-os com a pasta, acarretando a morte de vários, em decorrência de hemorragia generalizada. Esse método deve ser utilizado apenas por pessoal habilitado e imunizado, devido à necessidade de conhecimento para a identificação dos morcegos capturados e o alto risco de contrair a doença por quem os manipule.

De acordo com a legislação ambiental atual, é vedada a coleta e o abate de qualquer espécie de morcego, pois se tratam de animais silvestres protegidos e de importância para os seus ecossistemas. As ações de combate à raiva devem ser exclusivamente de caráter preventivo e com a utilização de vacina nas espécies susceptíveis.

Caso haja um caso de raiva em herbívoros confirmado em uma determinada propriedade, todos os abrigos de morcegos em um raio de 5 km devem ser identificados e eliminados. Esses locais são cadastrados, georreferenciados e anualmente inspecionados pelo serviço oficial.

No Método Seletivo Indireto, a pasta vampiricida é aplicada no herbívoro ao redor do local da mordedura. O morcego hematófago, que geralmente retorna ao ponto da mordedura anterior para se alimentar, entra em contato com o vampiricida, morrendo devido à hemorragia. Este método, que elimina apenas aqueles morcegos que estão se alimentando em herbívoros, deve ser utilizado pelo pecuarista, devendo ele ser orientado sobre os cuidados de manipulação do produto vampiricida.