As formas de EM que podem se beneficiar do transplante são as de surto-remissão, primária ou secundária progressiva, desde que não haja evidências inflamatórias no momento da indicação do transplante.

Os pacientes que mais frequentemente se beneficiam com TCTH são pacientes mais idosos ainda em estado ambulante (máximo de EDSS-Escala Expandida de Incapacidade Funcional), que não tenham respondido aos tratamentos convencionais.

Pacientes muito comprometidos pela incapacidade neurológica (EDSS > 6,5) com um curso estabelecido progressivo sem recidivas e sem atividade inflamatória na ressonância magnética devem ser tratados com TCTH.

O TCTH está containdicado também na forma maligna da EM, que é rapidamente progressiva e sabidamente irresponsiva a qualquer forma de tratamento.

Pode ser indicado para pacientes portadores de EM em progressão e sem resposta aos tratamentos imunomoduladores convencionais.