A análise custo-efetividade não é recomendável para a determinação do projeto de política pública que mais contribui para a realização de um objetivo, principalmente se houver restrição orçamentária.

A análise custo-benefício mensura variações de excedente dos agentes econômicos em decorrência da política pública, de forma que o ajuste dos valores monetários envolvidos, consideradas as diversas distorções econômicas que ocorrem nos mercados, têm pouco ou nenhum impacto na política.

A análise custo-efetividade é usual no exame da eficiência alocativa, pois facilita a comparação entre as alternativas de intervenção advindas das políticas públicas com distintos objetivos.

Uma das críticas ao uso de comparações de custo-benefício tradicionais é que estas não capturam os resultados diversos que os projetos podem ter em grupos distintos da sociedade.

Na análise de viabilidade privada e na avaliação socioeconômica de custo-benefício de implantação de esgotamento sanitário pelo governo em uma região menos favorecida, as métricas de análise são idênticas.