Se os indícios de infração à ordem econômica não forem suficientes para a instauração de processo administrativo, a SDE deve promover, de ofício ou à vista de representação escrita e fundamentada de qualquer interessado, averiguações preliminares, as quais são dispensáveis quando se tratar de representação de comissão do Congresso Nacional ou de qualquer de suas Casas.

Instaurado processo administrativo, em prazo não superior a trinta dias, contado do conhecimento do fato, da representação ou do encerramento das averiguações preliminares, o representado deve ser notificado para apresentar defesa no prazo de 10 dias.

No curso de processo administrativo, o secretário da SDE tem competência para autorizar, mediante despacho fundamentado, a realização de inspeção na sede social, estabelecimento, escritório, filial ou sucursal de empresa investigada, podendo ser inspecionados estoques, objetos, papéis de qualquer natureza, assim como livros comerciais, computadores e arquivos magnéticos, sendo vedada a extração de cópias de quaisquer documentos ou dados eletrônicos.

A União pode celebrar acordo de leniência, com a extinção da ação punitiva da administração pública, com pessoas jurídicas que forem autoras de infração à ordem econômica, para tanto sendo suficiente, apenas, que estas colaborem efetivamente com as investigações e com o processo administrativo, independentemente do resultado dessa colaboração.

A celebração de acordo de leniência sempre se sujeita à aprovação do CADE, competindo a esse conselho decretar a extinção da ação punitiva da administração pública em favor do infrator, nas hipóteses em que a proposta de acordo seja apresentada à SDE sem que esta tenha conhecimento prévio da infração noticiada.