Nas pesquisas e estudos da biotecnologia com a finalidade de tratamento ou remediação de áreas contaminadas, vêm sendo utilizadas plantas, bactérias, fungos ou produtos biológicos como enzimas. Por exemplo, os fungos se destacam no tratamento biológico de efluentes de refinarias de petróleo em virtude da sua capacidade enzimática de degradação de compostos policíclicos aromáticos, que podem ser assimilados pelo seu metabolismo. Esse processo no campo de estudo da biotecnologia é denominado: