A clarificação ou diafanização é uma etapa do processamento do material cuja função é a remoção do xilol e a impregnação com álcool, preparando o tecido para ser impregnado com a parafina.

Na etapa de inclusão de parafina ou parafinação, é importante remover os fragmentos embebidos na parafina, durante o processamento do material, deixando-os esfriar até o momento da inclusão.

Durante a inclusão em parafina, órgãos tubulares devem ser incluídos no plano longitudinal, enquanto fragmentos de mucosa e pele devem ser incluídos, considerando as estruturas epitélio e conjuntivo subjacente.

O processamento do material consiste na difusão de reagentes na intimidade dos tecidos e a remoção de líquido tecidual, tornando os fragmentos rígidos o suficiente para serem cortados.