O MP especial, por atuar exclusivamente junto ao TCU, qualifica-se, tanto por lei própria quanto pelos princípios institucionais da unidade e da indivisibilidade, para integrar o mesmo domínio institucional em que se insere o MPU.

O MP especial, mesmo sendo órgão de matriz constitucional e com a função de autogoverno ativa, não possui independência funcional própria por encontrar-se consolidado na “intimidade estrutural" do TCU.

Os integrantes do MP/TCs são detentores dos mesmos direitos, vedações e forma de investidura no cargo reservado aos membros da AGU e do MPU, exceto os do MPDFT, que se pautam por regime diferenciado.

O MP/TCU dispõe de competência de autogoverno, com prerrogativa de instruir processo legislativo respeitante a sua organização.

O procurador do MP especial pode agir como defensor dos interesses do Poder Executivo ou, dependendo da matéria, atuar como fiscal da lei, defendendo os interesses da administração e do erário.