em colônias de animais convencionais recomenda-se que o controle bacteriológico seja realizado a cada 6 meses e em colônias SPF mensalmente.

após a eutanásia, procede-se inicialmente à coleta do material digestório por incisão no abdômen exteriorizando-se o intestino, raspando-se a mucosa e coletando-se fezes. Encerrada a colheita do trato digestório, inicia-se a colheita do trato respiratório com retirada de material de orofaringe e traqueia com swab estéril.

diversos métodos de coloração podem auxiliar na identificação de microrganismos, porém um dos mais utilizados é a coloração de Gram, baseada na diferença de parede celular das bactérias. Essa coloração permite a separação em dois grandes grupos: Gram-positivas (coradas em roxo) e Gram-negativas (coradas em rosa).

na técnica de Gram é realizado um esfregaço em uma lâmina, seguido da imersão sequencial em: cristal violeta, lugol diluído, álcool etílico, Safranina, lavagem e secagem.Aleitura é feita em objetiva de imersão (10x).

a rápida identificação de um microrganismo pode também ser feita por diversos sistemas e painéis disponíveis no mercado (API, BBL Cristal Identification System e Bactray, por exemplo), dispensando o isolamento e a identificação preliminar do agente.